起源: 科技日报
记者11日从华中农业大学获悉，该校作物遗传改进全国重点尝试室、湖北洪山尝试室日前颁发最新钻研成就，宣告建成世界上首个水稻基因索引数据库。
此前，该校张建伟教授课题组结合阿卜杜拉国王科技大学、中国农业大学、国际水稻钻研所、冷泉港尝试室 以及亚利桑那大学、蒙彼利埃大学、圣安娜高档钻研院等国内表高校与科研机构在《天然·通讯》与《分子植物》陆续颁发两篇钻研论文。
上述两项钻研工作以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象，构建并全面分析基因组倒位图谱，建成首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库。
张建伟介绍，亚洲栽培稻是世界一半人丁的主食。预计2060年至2070年世界人丁数量将增长到约100亿，科研人员火急必要造就产量高、营养丰硕、绿色环保和气象适应性更强的新种类。
据纪录，全球有约五百万份水稻种质及其野生近缘种，这些资源的基因组变异中（单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等）蕴藏着种类改进的重要信息，对其发展基于泛基因组的多组学钻研拥有重要意思。
张建伟课题组致力构建大量水稻铂金尺度高质量参考基因组，在泛基因组水平挖掘大型结构变异在群体演化中的作用，搭建高效实用的泛基因组平台，以期为筛选水稻高产优质性状和精准育种奠定基础。
演化史比力钻研发现，基因组倒位发生频率可高达每百万年700次，远高于之前钻研了局。此表，该钻研还发现大量基因组倒位参加了调控水稻基因表白和遗传重组率等多项性命职能。
同期，该课题组在《分子植物》介绍了通过整合代表性亚洲栽培稻种质基因组信息，进行综合比力分析成立首个基于同源基因簇的泛基因组数据库——水稻基因索引数据库。这个数据库为用户提供丰硕的？楹凸ぞ，方便钻研人员对分歧种质基因以及基因同源关系进行查问、分析和可视化，为全球水稻钻研学者提供免费在线检索和分析服务。
该平台为每个水稻基因成立一张“综合图文信息卡片”，实现分歧职能和常用数据库之间的急剧链接，纪录蕴含OGI、基因通用名、序劣注职能、表白等根基信息，并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事务、同源关系网络图和系统发育树等。
此表，钻研人员能够通过关键词、序劣注同源关系等三种方式在数据库中进行搜索，并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化。
